急性胃肠炎的起因包括寄生虫、食物酸败、细菌或病毒、药物、或毒素以及其它器官的疾病。慢性胃肠炎的起因包括寄生虫、食用不易消化的食品、食物过敏、肠道炎症、细菌、病毒、细菌过盛、胰脏炎和其它器官或系统的疾病。